ஆரம்ப காலத்தில் பன்றித்தலைச்சிக் கண்ணகை அம்பாள் ஆலயத்திலே பூஜை வழிபாடுகளை ஆலய நிர்வாகியே மேற்கொண்டு வந்தார்.
1900ஆம் ஆண்டிலிருந்து பிராமணக்குருமார் பூஜைகளை மேற்கொண்டு வருகின்றனர்.
திங்கட்கிழமைகளில் இரண்டுநேரப் பூஜையும் ஏனைய நாட்களில் அபிஸேகமும் விளக்கு வைத்தலும் இடம்பெற்றன. 1939 ஆம் ஆண்டிலிருந்து இரண்டு நேரப் பூஜைகள் நடைமுறைப்படுத்தப்பட்டன. 1950 ஆம்ஆண்டு நான்கு நேரப் பூஜைகள் நடைமுறைக்கு வந்தன். 1952ஆம் ஆண்டிலிருந்து ஆறுகாலப் பூஜைகள் ஆகம விதிப்படி இடம்பெற்றுவருகின்றன.

பூஜை விபரம்

1.உஸக்காலப் பூஜை- 6.30மணி
விநாயகர் மூலஸ்தான கண்ணகை அம்பாள் சிவகாமி அம்பாள் உற்சவ மூர்த்திஅம்பாள் சுப்பிரமணியர் வைரவர் சண்டேஸ்வரி முதலிய சுவாமிகளுக்கு பூஜை இடம்பெறும்

2)காலை சந்திப்பூஜை-9.00மணி
சூரியிபகவான் விநாயகர் மூலஸ்தான கண்ணகை அம்பாள் உற்சவ மூர்த்தி அம்பாள் திருநந்திதேவர் நாகதம்பிரான் வராகிஅம்பாள் சந்தானகோபாலர் சுப்பிரமணியர் சனீஸ்வரபகவான் சந்திரபகவான் வைரவர் தேரடிவைரவர் பலிபீடம் சண்டேசுவரி முதலிய சுவாமிகளுக்கு பூஜை இடம்பெறும்

3.உச்சிக் காலப் பூஜை-12.ooமணி
விநாயகர் மூலஸ்தான கண்ணகைஅம்பாள் சிவகாமிஅம்பாள் உற்சவமூர்த்திஅம்பாள் சுப்பிரமணியர் வைரவர் சண்டேசுவரி முதலிய சுவாமிகளுக்கு பூஜை இடம்பெறும்.

4.சாயரட்சைப் பூஜை-4.00மணி
விநாயகர் மூலஸ்தான கண்ணகை அம்பாள் சிவகாமி அம்பாள் உற்சவ மூர்த்திஅம்பாள் சுப்பிரமணியர் வைரவர் சண்டேஸ்வரி முதலிய சுவாமிகளுக்கு பூஜை இடம்பெறும்

5.இரண்டாங்காலப்பூஜை-5.30மணி
சந்திரபகவான் விநாயகர் மூலஸ்தான கண்ணகை அம்பாள் துவாரபாலகர் சிவகாமிஅம்பாள் உற்சவ மூர்த்திஅம்பாள் திருநந்திதேவர் சூரியிபகவான் நாகதம்பிரான் வராகிஅம்பாள் சந்தானகோபாலர் சுப்பிரமணியர் சனீஸ்வரபகவான் வைரவர் தேரடிவைரவர் பலிபீடம் சண்டேசுவரி முதவிய சுவாமிகளுக்கு பூஜை இடம்பெறும்

6.அர்த்த சாமப்பூஜை-6.30மணி
மூலஸ்தான கண்ணகை அம்பாள் சிவகாமிஅம்பாள் உற்சவமூர்த்திஅம்பாள் சண்டேசுவரி வைரவர் முதலிய சுவாமிகளுக்கும் பூஜை இடம்பெறும்

திங்கட்கிழமைகளில் காலைசந்திப்பூஜை 10.00மணி
உச்சிக்காலப்பூஜை 1.00 மணிக்கு இடம்பெறும்
உற்சவகாலங்களில் பூஜை நேரம்  மாற்றம் பெறும்.